ב-Shopify ניתן ליצור שני סוגי הנחות עיקריים: Discount codes שהלקוח מקליד ב-Checkout ידנית, ו-Automatic discounts שמופעלות אוטומטית כשהעגלה עומדת בתנאי (סכום מינימום, מוצרים מסוימים, קולקציה). לכל הנחה אפשר להגדיר סוג (אחוז, סכום קבוע, משלוח חינם), תנאי זכאות, תאריך פקיעה, מגבלת שימוש כוללת ומגבלת שימוש ללקוח יחיד.
בחנויות ישראליות כדאי לשים לב שהנחות אוטומטיות מרובות לא מצטברות כברירת מחדל — Shopify מפעיל את ההנחה הגבוהה ביותר ולא את כולן. אם רוצים שילוב הנחות (למשל קוד קופון ביחד עם משלוח חינם אוטומטי), צריך להפעיל את ההגדרה המפורשת ב-Checkout settings. זה נקודה שלקוחות מתלוננים עליה לעיתים קרובות כשמבצע לא מתנהג כפי שציפו.