כל חנות שופיפיי מקבלת כתובת ברירת מחדל בפורמט `mystore.myshopify.com`. דרך מסך Domains אפשר לחבר דומיין חיצוני שנרכש אצל רשם דומיינים (GoDaddy, Namecheap, אינטרנט הכל, וכו׳) על ידי הפניית רשומות DNS — CNAME לחנות ו-A record לשרתי Shopify. אפשר גם לרכוש דומיין ישירות מתוך האדמין. הדומיין הראשי הוא זה שמוצג ללקוחות ומשמש לכתובת הקנונית (canonical URL) לצרכי SEO.
בחנויות ישראליות כדאי לשים לב לשלושה דברים: ראשית, דומיין `.co.il` לא ניתן לרכישה דרך Shopify ישירות — חייבים לרכוש אצל רשם ישראלי ולחבר ידנית. שנית, אם מפעילים Markets עם תת-תיקיות (`/il`, `/en`) — הגדרת הדומיין הראשי משפיעה על מבנה ה-URL של כל שוק. שלישית, לאחר חיבור דומיין חדש Shopify מנפיקה SSL אוטומטית — התהליך לוקח עד 48 שעות.