חנות יכולה לכלול: Primary domain (`mystore.co.il`), Subdomains (`shop.mystore.co.il`, `blog.mystore.co.il`, `b2b.mystore.co.il`). שופיפיי תומך בכך — לדוגמה ב-Plus, סוחר יכול להפעיל חנות B2B ב-Subdomain נפרד. כל אחד עם הגדרת DNS משלו (CNAME בעיקר).

בחנות ישראלית מורכבת, Subdomains מאפשרים פירוק: `blog.mystore.co.il` ל-WordPress (תוכן), `shop.mystore.co.il` ל-Shopify, `app.mystore.co.il` ל-iOS app. כל אחד יכול לחיות בשירות אחר עם תיאום DNS. בחנויות פשוטות, Primary בלבד מספיק.