כל וריאציה צריכה SKU ייחודי — זה המזהה הפנימי שלה במערכת. אם 2 וריאציות חולקות SKU, שופיפיי לא מוודאת ייחודיות (היא לא אכיפה — רק ממליצה). אבל מלאי משולב, דיווחים מבולגנים, וסנכרון עם ERP נשבר.
בחנות ישראלית כדאי לבדוק תקופתית: ייצוא Products CSV ל-Excel, מיון לפי SKU, וסינון לכפילויות. במקרים נמצאים — תיקון מיידי. אפליקציות (Stocky) חוסמות יצירת SKU כפול בעת ייבוא — מומלץ.