SKU הוא שדה חופשי ב-Shopify — שופיפיי לא כופה פורמט מסוים, אך הוא חייב להיות ייחודי לכל וריאנט כדי שמעקב המלאי יעבוד נכון. מערכות ERP, חשבוניות, ספקי לוגיסטיקה ומחסנים כולם מדברים ב-SKU: כשהזמנה מגיעה, המחסן מזהה את הפריט לפי ה-SKU ולא לפי שם המוצר. ב-Admin API וב-CSV ייצוא/ייבוא הוא מופיע כשדה `Variant SKU`.
בחנויות ישראליות שמייבאות מוצרים מספקים חשוב להחליט מראש: האם ה-SKU יהיה מספר הספק, ברקוד, או מזהה פנימי. ערבוב בין שיטות גורם לכפילויות בייבוא CSV. כמו כן, ב-bulk editor שינוי SKU של וריאנט קיים שמחובר להזמנות פתוחות עלול לשבור מעקב במערכות חיצוניות — כדאי לשנות SKU רק אחרי סגירת כל ההזמנות הקשורות.