כאשר חנות מוכרת מוצרים ללקוחות מחוץ לארץ המוצא של המלאי (או לישראל מחו"ל), מכס ומסי יבוא עשויים לחול על המשלוח. Shopify תומכת בחישוב מכס אוטומטי דרך שירות Duties and Import Taxes — החישוב מתבסס על קוד ה-HS (Harmonized System) של המוצר, ארץ המוצא, ארץ היעד וערך ההזמנה. כאשר מופעל, הסכום מוצג בשקיפות ב-Checkout לפני התשלום.
בחנות ישראלית שמייצאת לחו"ל, הצגת מכס מראש מורידה דרמטית אחוזי נטישת קופה ותלונות לאחר קבלת החבילה. חשוב לשייך HS code לכל מוצר (דרך מטא-שדות ייעודיים בכרטיס המוצר), אחרת Shopify לא יכולה לחשב את הסכום הנכון ועלולה להחסיר את הרכיב מה-Checkout לחלוטין.