ב-Shopify ניתן להגדיר מיסים ברמת מדינה, אזור ואפילו קטגוריית מוצר. המחיר שמוזן למוצר יכול לכלול מס (tax-inclusive) או להיות לפני מס (tax-exclusive) — ההגדרה הזו נקבעת ברמת החנות ומשפיעה על איך המחיר מוצג ללקוח לאורך כל המסע, מדף המוצר ועד הקבלה. ב-Shopify POS ניתן גם להחיל מס ידני על custom sale או custom fee שלא משויכים למוצר קבוע בקטלוג.
בישראל מע"מ (מס ערך מוסף) עומד כיום על 18% וכל מחיר מוצג ללקוח חייב לכלול אותו לפי חוק. לכן חנויות ישראליות ב-שופיפיי מגדירות tax-inclusive pricing — המחיר שמוזן כולל מע"מ, ו-Shopify מוצאת את רכיב המס לצורך דיווח. חשוב לוודא שהגדרות המס מסונכרנות גם עם מערכת הנהלת החשבונות החיצונית, כדי למנוע פערים בדיווח לרשות המסים.