Shopify POS תומכת רשמית רק בקוראי כרטיסים מאושרים שנבדקו ואושרו לפי מדינה וספק תשלום. קורא חיצוני שאינו ברשימה הנתמכת עלול לעבוד חלקית — למשל לקרוא פס מגנטי אבל לא EMV (צ׳יפ) או NFC — ובמקרים רבים לא יעבור עסקאות דרך Shopify Payments. השימוש בו גם עלול לפסול הגנות מסוימות בסכסוכי chargeback.
בישראל, שבה Shopify Payments אינה זמינה נכון לעכשיו, סוחרים שמפעילים POS מחברים ספקי סליקה מקומיים (כמו פאי, קארדקום או טרנזילה) דרך ממשקים חיצוניים. במקרה כזה קורא הכרטיסים הוא בדרך כלל של ספק הסליקה עצמו ולא של Shopify — מה שאומר שה-POS וה-Checkout מתואמים בנפרד וחייבים לעבור בדיקת אינטגרציה מסודרת לפני פתיחה ללקוחות.