בממשק האדמין של שופיפיי מסננים מופיעים בכל רשימה משמעותית — הזמנות, מוצרים, לקוחות, אפליקציות וערוצי מכירה. הם מאפשרים לצמצם את תוצאות החיפוש לפי קריטריונים כמו סטטוס הזמנה, תגית מוצר, או מדינת לקוח. ברירות המחדל כוללות Apps, Customers, Orders, Products ו-Sales channels — וניתן לשלב מספר מסננים בו-זמנית לצמצום מדויק.
בחנות ישראלית עם מגוון גדול של מוצרים או נפח הזמנות גבוה, שליטה במסננים חוסכת זמן ניהול יקר: אפשר לסנן הזמנות שממתינות למשלוח לאזור גיאוגרפי מסוים, למצוא לקוחות שלא רכשו מעל חצי שנה, או לבודד מוצרים ללא תמונה. חלק מהמסננים ניתנים לשמירה כ-Views (תצוגות שמורות) כדי לחזור אליהם מהר בפעם הבאה.