כל לקוח ב-Shopify מיוצג כרשומה עם מזהה ייחודי שמקשר בין כל ההזמנות, הכתובות והאינטראקציות שלו עם החנות. מתוך מסך הלקוח אפשר לראות ערך הזמנות מצטבר (lifetime value), לשלוח מייל, לאפס סיסמה, לאפשר או לחסום גישה לחשבון, ולהוסיף תגיות שמשמשות לאחר מכן לסגמנטציה בשיווק ובהנחות ממוקדות.
בחנות ישראלית רשומות הלקוחות הן גם הבסיס לעמידה ב-GDPR ובחוק הגנת הפרטיות — לקוח שמבקש למחוק את נתוניו ניתן להסיר ידנית מתוך מסך זה. כדאי גם לנצל את שדות ה-Metafields על ישות הלקוח כדי לאחסן נתונים עסקיים מקומיים כמו מספר ח.פ., סוג לקוח (עסקי/פרטי) או קוד סוכן מכירות, בלי לפרוץ לשדות הסטנדרטיים.