ב-Shopify קיימים שני סוגי קולקציות: ידניות (Manual), שבהן הסוחר בוחר כל מוצר בנפרד, ואוטומטיות (Automated), שבהן מוצרים נכנסים לקולקציה לפי כללים — תג, מחיר, ספק, או מטא-שדה. לכל קולקציה יש Handle (slug ב-URL), תיאור, תמונה, ושדות SEO. קולקציות אוטומטיות מתעדכנות בזמן אמת כשמוצר עומד בתנאי הכלל.
בעת שכפול חנות שופיפיי דרך ייצוא CSV, מידע הקולקציות לא עובר אוטומטית יחד עם המוצרים — צריך להוסיף עמודת `Collection` לקובץ המוצרים לפני הייבוא, אחרת כל ההשמות ייעלמו ויצטרכו להיווצר ידנית בחנות החדשה. בחנות עם עשרות קולקציות וספריית מוצרים גדולה, שכחה קטנה כזו יכולה להפוך למשימת שיוך ידני של שעות.