ב-Settings → Locations, הסוחר מנהל את כל ה-Fulfillment locations: מחסן ראשי, מחסן משני, חנות פיזית, 3PL. כל אחד עם כתובת, מלאי משלו, ושעות פעילות. שופיפיי מציעה ב-Basic 2 locations, ב-Shopify 5, ב-Advanced 8, וב-Plus 1000+.
בחנות ישראלית עם תפעול מורכב (לדוגמה 3 חנויות + מחסן), הגדרת Fulfillment locations נכונה חיונית. מלאי מנוהל בנפרד לכל מיקום. Order routing יכול לשלוח הזמנה למיקום הקרוב ביותר ללקוח, או לחילופין למיקום עם הכי הרבה מלאי.