Shopify מכירה בארבעה מודלים עיקריים: טיפול עצמי (בית עסק שמחזיק מלאי ושולח בעצמו), שירות fulfillment צד שלישי כמו ShipBob או Fulfillment by Amazon שמקבלים את המלאי ומשלחים בשם הסוחר, custom fulfillment שבו אפליקציה חיצונית מקבלת הזמנות דרך ה-API ומטפלת בהן, ו-dropshipping שבו הספק שולח ישירות ללקוח הקצה ואין מלאי בכלל אצל הסוחר. כל מודל משפיע על הגדרות המלאי, פרופילי המשלוח, ועל מי מסמן הזמנות כ-fulfilled.
בשוק הישראלי מודל ה-fulfillment הנפוץ הוא עדיין עצמי — מחסן ביתי או שכור, שליחות דרך חברה מקומית (מובי, יד-2 שליחויות, ספיד). חנויות שגדלות לרוב עוברות ל-3PL מקומי שמתחבר לשופיפיי דרך אפליקציה ייעודית. חשוב לוודא שאפליקציית ה-fulfillment כותבת בחזרה ל-Shopify את מספר המעקב ומעדכנת סטטוס הזמנה — אחרת אימיילי עדכון שילוח ללקוח לא יישלחו אוטומטית.