בתוך Shopify Admin כל מוצר (ולמעשה כל וריאציה) יכול להיות משויך לשיטת fulfillment שונה: מלאי עצמי שמנוהל ב-locations, שירות חיצוני כמו ShipBob או Amazon FBA (שמקבלים את ההזמנה דרך API אוטומטי), או דרופשיפינג שבו ההזמנה מועברת ישירות לספק — Oberlo, DSers, AutoDS ואחרים — שמשגר ישירות ללקוח. את האפשרות הרלוונטית מגדירים ברמת ה-product לפי ה-fulfillment service.
בחנות ישראלית שמשלבת מלאי עצמי יחד עם דרופשיפינג, ה-Checkout לא מתריע ללקוח שיקבל שתי חבילות נפרדות — זו אחריות הסוחר להסביר זאת בדף ה-Shipping Policy. כמו כן, shipping profiles ב-שופיפיי חייבות להיות מוגדרות בנפרד לכל שיטת fulfillment, אחרת עלויות המשלוח המחושבות בקופה עלולות להיות שגויות ולפגוע ברווחיות.