מבנה התוכניות של Shopify כולל מספר שכבות: Starter, Basic, Grow, Advanced ו-Shopify Plus. תוכנית Grow מיועדת לחנויות שגדלו מעבר לניהול יחיד וצריכות לשתף גישה לאדמין עם חברי צוות — מנהל מחסן, שירות לקוחות, איש שיווק — כל אחד עם הרשאות מותאמות. ב-Basic הגישה מוגבלת, ולכן Grow היא נקודת השדרוג הראשונה שרוב החנויות הצומחות פוגשות.
בחנות ישראלית שמתחילה להביא עובדים, חשוב לבדוק לא רק את מחיר התוכנית אלא גם את אחוז העמלה על עסקאות שמשתנה בין המדרגות. לעיתים חיסכון בעמלות בתוכנית Grow מכסה את עלות השדרוג עצמו — במיוחד כשהחנות מגיעה לעשרות אלפי שקלים בחודש.