Shopify Plus נבדלת מהתוכניות הרגילות בכמה יכולות מרכזיות: גישה לעורך ה-Checkout דרך Checkout Extensibility מלא, ניהול ארגון (Organization) המאפשר ריכוז של עשרות חנויות תחת גג אחד, אוטומציות מתקדמות דרך Shopify Flow, מחירוני B2B מובנים, ו-Script Editor (בגרסאות ישנות). ברמת האבטחה, Plus מוסיפה יכולות ארגוניות כמו SSO, הגבלות IP וניהול הרשאות משתמשים ברמת הארגון — לא רק ברמת החנות הבודדת.
בשוק הישראלי Shopify Plus רלוונטית בעיקר לרשתות קמעונאיות גדולות, מותגים עם פעילות בינלאומית ומרובת אזורי מכירה, או עסקי B2B שצריכים מחירונים ותנאי תשלום שונים לכל לקוח. העלות הגבוהה יחסית מוצדקת כשנפח העסקאות החודשי מצדיק את אחוז העמלה המופחת ואת החיסכון בפיתוח מותאם אישית שה-Plus מייתר.