בארכיטקטורת headless, שכבת ה-backend (קטלוג, מלאי, הזמנות, לקוחות) נשארת אצל Shopify, אבל שכבת ה-frontend מנותקת לחלוטין מ-Liquid ומהתבניות הרגילות. הממשק נכתב בדרך כלל ב-React/Next.js או ב-Hydrogen (הפריימוורק הרשמי של Shopify), מושך נתונים דרך Storefront API, ומציג אותם לפי עיצוב חופשי לגמרי — ללא מגבלות Theme Store.
בחנות ישראלית headless מספק חופש עיצובי מרבי וביצועים מהירים, אבל מגיע עם מחיר תחזוקה גבוה: כל עדכון של Shopify ב-Checkout, ב-discounts או ב-bundles לא "מגיע אוטומטית" לחזית — צריך לעדכן את הקוד ידנית. בנוסף, תכונות כמו Shopify Bundles, Shop Pay ו-Checkout extensions עובדות בצורה מוגבלת בלבד מחוץ לתבנית הרגילה, ודורשות תכנון מוקדם.