Shopify תומכת בייבוא ישיר דרך ה-Admin עבור מוצרים, לקוחות וקודי הנחה בפורמט CSV מוגדר מראש. אבל ישויות כמו הזמנות היסטוריות, עסקאות תשלום ומטא-שדות מורכבים לא ניתנות לייבוא דרך הממשק הסטנדרטי — לאלה צריך Admin API, אפליקציית מיגרציה ייעודית (כמו Matrixify/Excelify), או עבודה ידנית. ההבחנה הזו קריטית בעת שכפול חנות או מעבר בין פלטפורמות.
בחנויות ישראליות הכשל הנפוץ ביותר הוא ניסיון לייבא היסטוריית הזמנות ל-Shopify (שופיפיי) לצורכי ארכיון חשבונאי — מס קנייה, חשבוניות, דוחות מע"מ. מכיוון שהזמנות לא מיובאות דרך Admin, הנתונים האלה חייבים להישאר בחנות המקורית או בפלטפורמת ניהול חשבונות חיצונית, ולא לסמוך על ייבוא לתוך החנות החדשה.