הגירה כוללת בדרך כלל כמה שכבות: קטלוג מוצרים (עם וריאציות, מטא-שדות ותמונות), נתוני לקוחות (כולל כתובות וסגמנטים), היסטוריית הזמנות, קודי הנחה וקולקציות. Shopify מספקת כלי CSV בסיסי לייבוא מוצרים ולקוחות, אבל לא תומכת רשמית בייבוא הזמנות דרך ה-Admin — לכך צריך Admin API או אפליקציית הגירה צד שלישי כמו Matrixify.
בהגירה של חנות ישראלית יש שלושה גורמי סיכון ייחודיים: ראשית, היסטוריית הזמנות שדרושה לצרכי מס וחשבונאות חייבת להישמר — כארכיון לפחות, גם אם לא כהזמנות חיות. שנית, נתוני לקוחות בעברית עלולים להישבר ב-CSV אם encoding אינו UTF-8 תקני. שלישית, אינטגרציות מקומיות (סליקה, שליחויות, חשבוניות) חייבות להיות מחוברות מחדש לחנות החדשה לפני שמשיקים ולא אחרי.