לחיצה על Install ב-Shopify App Store מפעילה זרימת OAuth מלאה: הסוחר רואה את רשימת ה-scopes שהאפליקציה מבקשת (קריאה/כתיבה של מוצרים, הזמנות, לקוחות וכו׳) ואת מודל החיוב (חינמי, תשלום חד-פעמי, מנוי חודשי). רק לאחר אישור שני אלה Shopify מנפיקה access token ייחודי לחנות, ורק אז האפליקציה מתחילה לפעול. בכל שלב ניתן לבטל את ההתקנה מ-Admin → Apps.
בחנות ישראלית כדאי לבחון שלושה דברים לפני אישור ההתקנה: האם החיוב מתבצע בדולרים (ומה שער ההמרה בפועל בחשבונית), האם האפליקציה תומכת ב-RTL ובעברית, ואם מדובר באפליקציה ישנה — האם היא מבקשת לערוך `theme.liquid` ידנית במקום להשתמש ב-theme app extension. שלושת הדברים האלה חוסכים כאב ראש בהמשך.