בארגונים שמנהלים מספר חנויות Shopify מתחת לאותו חשבון ארגוני, השם הפנימי הוא מה שמאפשר להבחין בין חנויות בלוח הניהול המרכזי — למשל "ישראל IL", "אירופה EU", "סיטונאי B2B" — בלי שהלקוח יידע שהחנויות האלה קיימות. הוא לא משפיע על ה-SEO, על שם הדומיין, ולא על שם המותג שמוצג בחנות.
שינוי השם הפנימי נעשה דרך הגדרות הארגון ב-Shopify, ואינו תחליף לשינוי שם החנות הציבורי — שנעשה תחת Settings → General. בחנות ישראלית עם מספר סניפים או שווקים כדאי לאמץ מוסכמת שמות פנימית ברורה כבר בהקמה, כדי שחברי צוות חדשים ידעו בדיוק לאיזו חנות הם נכנסים בלי לבלבל הזמנות.