ב-Shopify Plus, רמת ה-Organization נמצאת מעל רמת החנות הבודדת — שם מגדירים משתמשי ארגון עם גישה לכמה חנויות בו-זמנית, רואים נתוני מכירות מצטברים, ומנהלים מדיניות משותפת כמו פרופילי משלוח ו-automations. זה הכלי הרלוונטי לבתי אופנה עם חנות קמעונאית וחנות B2B נפרדת, או למותגים עם חנויות בשפות/מדינות שונות.
בחנויות ישראליות שאינן Plus, מסך ה-Organization לא קיים — אבל עדיין קריטי לשמור על הפרדה ברורה בין בעל החשבון (owner), משתמשי צוות עם הרשאות מוגבלות, וספקים חיצוניים כמו מפתחים או סוכנויות. גישה רחבה מדי לספק חיצוני — למשל Collaborator עם הרשאות full admin — מהווה סיכון אבטחה ממשי שכדאי לבחון מחדש בכל רבעון.