מכשיר שעבר Jailbreak (iOS) או Rooting (Android) עוקף את מנגנוני האבטחה של מערכת ההפעלה — הוא יכול להריץ קוד לא מאומת, לשנות הרשאות אפליקציות ולחשוף תקשורת מוצפנת. Shopify מסרבת לתמוך בסביבות כאלה כי הן מסכנות נתוני תשלום של לקוחות ומפרות דרישות PCI DSS. בפועל, אפליקציית Shopify POS עשויה לסרב להפעיל, להגביל פונקציות, או לא לתקשר כראוי עם קורא הכרטיסים.
בחנויות עם נקודת מכירה פיזית בישראל, חשוב לוודא שכל מכשיר שמחובר לציוד POS — iPad, iPhone, אנדרואיד — רץ על מערכת הפעלה רשמית ועדכנית, ולא על גרסת בטא. לפני רכישת ציוד יש להרכיב רשימת מכשירים עם מודל, גרסת מערכת הפעלה ומיקום — וכך למנוע הפתעות בהשקה.