כאשר Shopify משיקה מבנה תמחור חדש, סוחרים שכבר נמצאים על תוכנית קיימת נשארים לעיתים על ה-"קפואה" — הם ממשיכים לשלם את המחיר הישן ולקבל את התנאים הישנים (אחוזי עמלת עסקה, מספר חשבונות צוות, תכונות). זה נקרא legacy plan, ואין לו עמוד פומבי בדף התמחור הרשמי.
בפועל, עבור חנויות ישראליות זה יכול לייצר בלבול: סוחר שרוצה לשדרג תוכנית ומושווה עם חבר שעל תוכנית legacy יראה מחיר שונה לגמרי. חשוב לדעת שמעבר מרצון מתוכנית legacy לתוכנית חדשה הוא בלתי הפיך — אי אפשר לחזור למחיר הישן לאחר המעבר, ולכן כדאי לבדוק בקפידה את כל ההשלכות לפני שמחליפים תוכנית.