ב-Shopify קיימות שתי שכבות עלות על כל עסקה: הראשונה היא עמלת ספק הסליקה (אחוז שגובה Cardcom, PayPlus, Meshulam וכו׳), והשנייה היא transaction fee שגובה Shopify עצמה כשהסליקה לא עוברת דרך Shopify Payments. גובה ה-fee תלוי בתוכנית: Basic (2%), Shopify (1%), Advanced (0.5%), Plus (0.15%). כלומר — הסוחר משלם כפל עמלות על כל מכירה.
מכיוון ש-Shopify Payments אינו זמין כיום לחנויות ישראליות, כל בעל חנות בישראל חשוף ל-transaction fee אוטומטית. בחישוב כדאיות תוכנית: ממרצ׳נט בעל מחזור גבוה עשוי לחסוך יותר מהשדרוג לתוכנית Advanced (שמפחיתה את ה-fee ל-0.5%) מאשר מה שהוא משלם על הפרש המחיר בין תוכניות. חשוב להכניס נתון זה לתוך כל השוואת עלויות בין ספקי סליקה.