בעוד שהנחת עגלה (Cart discount) מחלקת את ההנחה על כל הפריטים בפרופורציה, הנחת פריט פועלת על שורה ספציפית בהזמנה. ב-Shopify POS אפשר להחיל אותה כאחוז או כסכום קבוע, ולצרף לה סיבה (למשל "פגם", "מוצר תצוגה", "מתנה לעובד"). ההנחה נשמרת ברמת ה-line item גם בהזמנה הסופית, ומאפשרת דיווח מדויק בניתוח מכירות.
בחנות ישראלית שמשתמשת ב-POS, חשוב לדעת שהנחת פריט משפיעה על חישוב המע"מ — השיטה המקובלת היא שהמע"מ מחושב לאחר ההנחה על המחיר נטו. כדאי לוודא שהגדרות המס בשופיפיי Admin (Taxes → Israel) מוגדרות נכון לפני שמחילים הנחות פריט באופן שוטף בקופה הפיזית.