Links הם רכיב יסודי של אתר: ניווט (Menu items), קישורים בתוך תוכן (Internal links — בתיאור מוצר/בלוג), Footer links, ו-External links. שופיפיי מאפשר הוספה דרך עורך התבנית או עורך התוכן. כל קישור עם anchor text.

בחנות ישראלית, Internal links הם מנוף SEO חזק: קישור מ-עמוד בלוג למוצר רלוונטי = הזרמת אורך תנועה. הקפדה: anchor text תיאורי ('המדריך לבחירת תיק'), פתיחה בלשונית חדשה ל-External links (`target=_blank`), ובדיקה תקופתית שאין קישורים שבורים.