לכל Location ב-Shopify יש מלאי עצמאי, ולכן כשלקוח מזמין מספר פריטים שנמצאים במיקומים שונים, Shopify יכולה לפצל את ההזמנה למשלוחים נפרדים (Split shipping). מיקומים מקובצים בתוך Location groups, ובתוך קבוצה אחת ניתן להגדיר תעריף משלוח אחיד גם אם הפריטים יוצאים ממחסנים שונים. כשמיקומים נמצאים בקבוצות שונות, עלויות המשלוח מצטברות לפי כל קבוצה בנפרד.
בחנות ישראלית עם יותר ממיקום אחד — למשל מחסן ראשי בתל אביב וסניף בחיפה — חשוב לוודא שפרופילי המשלוח (Shipping profiles) מוגדרים נכון לכל Location. אם המיקומים לא משויכים לאותה קבוצה, הלקוח עלול לראות מחיר משלוח כפול בקופה, מה שמעלה שיעורי נטישת עגלה.