פיצול משלוחים מופעל אוטומטית ב-Checkout כשעגלה מכילה פריטים ממחסנים שונים, פריטי Preorder שזמינים בתאריך מאוחר יותר, או מוצרים עם מגבלות שילוב שלא מאפשרות אריזה משותפת. במקרה כזה, הקופה מציגה לכל shipment שורת בחירת משלוח נפרדת, כולל עלות נפרדת. הלקוח רואה בבירור מתי כל חלק מהזמנה צפוי להגיע.
בחנויות ישראליות פיצול משלוחים נפוץ בעיקר כשמשלבים מוצרים במלאי עם פריטי פרי-אורדר, או כשמוצרים מגיעים ממחסן מקומי לצד מחסן dropshipping מחו"ל. חשוב לוודא שספק השליחויות המקומי (למשל דואר ישראל, DHL ישראל) מופיע כאפשרות תחת כל shipment בנפרד, ושעלויות המשלוח המפוצלות מוצגות בשקלים בצורה שקופה לפני אישור ההזמנה.