ב-Shopify Plus וב-Shopify Organizations קיים שכבת ניהול עליונה שנמצאת מעל לחנות הבודדת. מתוך ממשק הגדרות הארגון אפשר להוסיף ולהסיר משתמשים בצוות, לקבוע אילו חנויות כל משתמש רשאי לגשת אליהן, לנהל חיוב מרוכז ולהגדיר מדיניות אבטחה אחידה כמו אימות דו-שלבי חובה לכל חשבונות הצוות.
בהקשר ישראלי, ניהול הגדרות ארגון רלוונטי בעיקר לרשתות קמעונאיות עם כמה שלוחות, לקבוצות איקומרס שמפעילות מותגים שונים, או לסוכנויות שמנהלות חנויות עבור לקוחות מרובים. חשוב לדעת שהרשאות ברמת הארגון לא מחליפות הרשאות ברמת החנות הבודדת — צריך לנהל את שניהם בנפרד כדי לשמור על עקרון המינימום-הרשאות.