ב-Shopify, ארגון (Organization) הוא שכבת ניהול שמתארת מעל לחנות הבודדת — הוא מקבץ מספר חנויות תחת ישות אחת ומאפשר ניהול משתמשים ברמה גבוהה יותר. מנהל ברמת הארגון יכול לגשת לכל החנויות תחתיו, לנהל צוותים, ולהגדיר הרשאות גרנולריות — מי רואה איזו חנות, מי יכול לערוך מוצרים, ומי מורשה לגשת לדוחות כספיים. זה רלוונטי במיוחד לרשתות חנויות, מותגים מרובי-שווקים, ו-Plus merchants.
בהקשר ישראלי, ניהול ארגונים שימושי לעסקים שמפרידים בין חנות מקומית (שקל, עברית, RTL) לחנות בינלאומית (דולר/יורו, אנגלית) — שתיהן תחת אותו ארגון, עם צוות שיווק משותף שיש לו גישה לשתיהן אבל צוות תפעול מקומי שרואה רק את החנות הרלוונטית. בלי מבנה ארגון תקין, ניהול הרשאות כאלה יוצר בלגן של בעלי חנות ומנהלים שחוצים ביניהן.