כל חנות Shopify רצה על תוכנית מנוי — Basic, Shopify, Advanced, Plus או Development — וכל תוכנית קובעת את עמלות העסקה, מספר חשבונות הצוות, גישה לפיצ'רים כמו חישוב משלוח מתקדם, דוחות ו-B2B. דרך מסך ניהול תוכנית התמחור אפשר לשדרג, לשנמך, לעבור לחיוב שנתי (שמקנה הנחה) ולראות את מועד החידוש הבא.
בחנויות ישראליות החיוב נעשה בדולר אמריקאי ישירות לכרטיס האשראי שמוגדר בחשבון — אין אפשרות לשלם בשקל. בעת שינוי תוכנית יש תמחור יחסי (pro-rata) לפי ימים שנותרו במחזור. כדאי לבדוק את מסך ניהול התוכנית גם לפני מבצעים גדולים (בלאק פריידי, ראש השנה) כדי לוודא שהתוכנית תומכת בנפח ובפיצ'רים הנדרשים.