בממשק האדמין של שופיפיי ניתן להזמין עד מאות חברי צוות ולהגדיר לכל אחד רמת הרשאה שונה — החל מגישה מלאה ועד גישה מוגבלת לחלקים ספציפיים כמו הזמנות, מוצרים או דוחות בלבד. מנהל בכיר יכול גם לשייך חבר צוות לחנות ספציפית בלבד בתוך Organization — שימושי כשמנהלים מספר חנויות תחת אותו ארגון שופיפיי.
בחנויות ישראליות עם עובדים במשמרות או פרילנסרים חיצוניים (מעצב, מנהל קמפיינים, רואה חשבון), כדאי להקצות הרשאות מינימליות לפי עקרון ה-least privilege — לדוגמה, מנהל פרסום צריך גישה לדוחות אבל לא לפרטי לקוחות מלאים. בעת סיום שיתוף פעולה עם ספק חיצוני, חובה להסיר את המשתמש מיידית ולא להסתפק בשינוי הסיסמה.