כאשר Shopify Payments פעיל בחנות, המערכת מזהה אוטומטית אילו אמצעי תשלום מקובלים בשוק היעד — כרטיסי אשראי, ארנקים דיגיטליים כמו Apple Pay ו-Google Pay, Buy Now Pay Later, ועוד — ומציעה להפעיל אותם ישירות מתוך הגדרות התשלום. הניהול המרכזי חוסך את הצורך לחתום על הסכמים נפרדים עם כל ספק תשלום, ומאפשר לעקוב אחרי הביצועים של כל שיטה ממסך אחד.
בחנויות ישראליות Shopify Payments אינו זמין נכון לעכשיו, ולכן המנגנון של Managed payment methods לא חל ישירות. סוחרים ישראלים נדרשים לחבר ספק סליקה חיצוני (כמו פאי, Cardcom או iCredit) דרך Payment Providers — תהליך שדורש הגדרה ידנית של כל שיטת תשלום בנפרד, בדיוק מה שהמנגנון הזה מיועד לחסוך לשווקים שבהם Shopify Payments פעיל.