כאשר מחברים דומיין ל-Shopify, ניתן לבחור בין שתי גישות: האחת — לעדכן רק רשומות DNS ספציפיות (A record, CNAME) אצל ספק הדומיין הנוכחי; השנייה — להעביר את ה-NameServers כולם לניהול Shopify. בגישה השנייה, Shopify הופכת לסמכות ה-DNS הראשית של הדומיין ומנהלת את כל הרשומות אוטומטית. זה פשוט יותר אבל מחייב להעביר גם רשומות MX (מייל) ורשומות אחרות שהיו קיימות אצל הספק הקודם.
בחנויות ישראליות שרוכשות דומיין `.co.il` דרך ספקים כמו GoDaddy ישראל, 012 Domains או Domains.co.il — חשוב לוודא שה-NameServers עודכנו ולא רק ה-A record. שגיאות SSL pending ו-TLS failed ב-Shopify נגרמות לרוב דווקא מ-NameServers שלא הופנו נכון, או מ-DNSSEC פעיל אצל ספק הדומיין שמונע מ-Shopify לאמת את הדומיין.