כאשר מוכרים חנות שופיפיי לגורם חיצוני שאינו Staff member קיים, הבעלים הנוכחי יוזם את ההעברה מתוך Settings → General בסעיף Organizations and store transfers. הנמען מקבל הזמנה באימייל, יוצר חשבון Shopify משלו (אם אין לו), ומאשר את ההעברה. רק לאחר אישור שני הצדדים הבעלות עוברת — כולל חיוב המנוי, גישת Admin ובעלות על הדומיין המחובר.
בהקשר ישראלי חשוב לתאם מראש מספר נקודות לפני ההעברה: ניתוק ספקי סליקה מקומיים (פאי, קארדקום) מהחשבון הבנקאי של המוכר וחיבורם מחדש לבעלים החדש, עדכון פרטי חשבונית מס בהגדרות החנות, והחלפת כתובת האימייל של שולח ה-notifications. ריכוז כל השינויים האלה לפני שמוסרים את הגישה חוסך בלגן משפטי-כספי לאחר מכן.