ב-Shopify ניתן להגדיר הנחות הזמנה בשלוש דרכים עיקריות: קוד הנחה ידני שהלקוח מזין בקופה, הנחה אוטומטית שמופעלת לפי תנאים (סכום מינימום, קולקציה, תג לקוח), או הנחה מותאמת אישית שנוצרת דרך Checkout Blocks / Discount Functions. ההנחה מחושבת על סל הקניות לפני עלות המשלוח ולפני מס, ומוצגת ללקוח כשורה נפרדת בסיכום ה-Checkout.
בחנות ישראלית שעובדת עם מחירים כולל מע"מ, חשוב לוודא שההנחה מחושבת נכון ביחס לתצוגת המחיר — אם המחירים מוצגים כולל מע"מ, גם ההנחה תיראה כשייכת למחיר הברוטו. כשמשתמשים ב-Checkout Blocks ליצירת Order discount מותאמת, כדאי לבדוק את תאימות ה-Discount Function ל-Shopify Functions שמחייבת תוכנית Plus לסוגים מסוימים של לוגיקה מתקדמת.