ב-Shopify ניתן להגדיר הנחת משלוח כחלק מקוד קופון, כ-automatic discount (הנחה אוטומטית) או דרך Checkout extensibility — למשל Checkout Blocks. ההנחה פועלת על שיטות משלוח ספציפיות או על כולן, ויכולה להיות באחוזים (10% הנחה על המשלוח), בסכום קבוע (₪15 הנחה) או משלוח חינם מלא. היא נחשבת בנפרד מ-order discount ואפשר להפעיל את שניהם בו-זמנית על אותה הזמנה.
בחנות ישראלית הנחת משלוח היא כלי שיווקי נפוץ מאוד — "משלוח חינם מעל ₪299" היא אחת הנוסחאות הבדוקות להגדלת ערך עגלה ממוצע. כשמגדירים אותה דרך Checkout Blocks כדאי לוודא שהתנאים (minimum order value) מוגדרים במטבע ₪ ולא ב-$ — Shopify עלולה לחשב סכומי סף לפי מטבע החנות הנכתב בהגדרות, ואי-תשומת לב לזה תיצור הנחות שגויות.