ב-Shopify ניתן לקבץ מספר חנויות תחת ארגון אחד (Organization). מנהל הארגון הוא הדרג הגבוה ביותר מתחת ל-owner (בעלים) — הוא יכול לנהל משתמשים, להוסיף חנויות, לשנות הגדרות billing, לגשת לנתוני לקוחות ולהתקין אפליקציות בכל החנויות שתחת הארגון. פעולות ברמת ארגון — בניגוד לפעולות ברמת חנות בודדת — משפיעות על checkout, דומיינים, התראות ומבנה המשתמשים בכל מקום בו-זמנית.
בעסקים ישראליים עם מספר חנויות (למשל חנות B2C נפרדת מחנות B2B, או חנות בעברית לצד חנות באנגלית לשוק בינלאומי), חשוב לתעד בכתב מי מחזיק בתפקיד מנהל ארגון ולמה. שינוי ישות עסקית, העברת בעלות, או שינוי פרטי חיוב על ידי מנהל ארגון לא מורשה עלול להשפיע על כל החנויות בו-זמנית — לרבות הפסקת שירות בלתי מתוכננת.