בניגוד לחנות Shopify רגילה שבה מספר המשתמשים (staff accounts) מוגבל לפי תוכנית המנוי, ארגון שותפים פועל דרך Shopify Partners Dashboard ולא כפוף לאותן מגבלות. מתוכו אפשר ליצור development stores לבנייה ובדיקה, להעביר חנויות מוכנות ללקוחות (client transfer stores), לנהל אפליקציות ב-App Store, ולצרף חברי צוות עם הרשאות גרנולריות לכל חנות בנפרד.
עבור סוכנויות ומפתחים ישראלים שעובדים עם מספר לקוחות, ארגון השותפים הוא נקודת המרכז של העבודה — ממנו מנהלים גישה, מקבלים עמלות Revenue Share על תוכניות מנוי שמשדרגים עבור לקוחות, ומגישים אפליקציות לביקורת. חשוב לדעת שחנויות פיתוח שנוצרות מתוך Partners Dashboard לא מחויבות בתשלום, אך הן מוגבלות בפונקציונליות סליקה אמיתית ואינן מתאימות כחנות חי.