ב-Shopify ניתן לקבל כרטיסי תשלום בשני ערוצים עיקריים: בחנות האונליין דרך Shopify Payments או ספק סליקה חיצוני (gateway), ובנקודת מכירה פיזית דרך Shopify POS עם קורא כרטיסים. הכרטיס עובר הצפנה ב-TLS ברגע ההקשה — הנתונים לעולם לא נוגעים בשרתי החנות ישירות, מה שמשמר עמידה ב-PCI DSS ללא מאמץ מצד הסוחר.
בישראל Shopify Payments אינו זמין נכון לעכשיו, ולכן חנויות ישראליות מתחברות לספקי סליקה מקומיים — פאי (Pay), גרין-אינווייס, טרנזילה, ו-iCredit — דרך חיבור gateway. חשוב לבדוק את עמלת העסקה הנוספת שגובה שופיפיי על עסקאות שעוברות דרך gateway חיצוני (0.5%–2% לפי פלן), ולהביא אותה בחשבון בחישוב הרווחיות.