ב-Shopify POS, חומרת התשלום כוללת בעיקר את ה-Shopify Card Reader וה-Shopify POS Terminal — מכשירים שמתחברים לאפליקציית POS דרך Bluetooth או רשת מקומית ומעבדים עסקאות דרך Shopify Payments. הם מאפשרים קריאת כרטיסי אשראי בהחלקה, שבב (EMV) או NFC (תשלום ללא מגע), וכל עסקה מסתנכרת אוטומטית עם ה-Admin וניתן לראותה בדוחות בזמן אמת.
בישראל חומרת התשלום של Shopify לא זמינה ישירות — Shopify Payments אינו פעיל בישראל, ולכן חנויות POS ישראליות נסמכות על מסופי סליקה חיצוניים של חברות כמו פאי, ורידי או יורוקארד שמתממשקים לאפליקציית POS דרך אינטגרציה ידנית או אפליקציית צד שלישי. חיבור רשת יציב ומוגדר נכון הוא קריטי — ניתוק במהלך עסקה עלול לגרום לכפל חיוב ולפערי מלאי.