ב-Shopify התאמת אמצעי תשלום מתבצעת דרך Checkout Functions או דרך אפליקציות כמו Checkout Blocks, ומאפשרת לוגיקה כמו: הסתרת אפשרות "תשלומים" מלקוחות מחוץ לישראל, הצגת אפשרות "ביט" רק בהזמנות מתחת לסכום מסוים, או מיון ספקי הסליקה לפי עדיפות עסקית. כל שינוי כזה קורה בצד השרת לפני שהקופה נטענת, כך שהלקוח רואה רק את האפשרויות הרלוונטיות.
חשוב לדעת: יצירת Payment method customization דרך Checkout Blocks — ורוב הכלים הגרפיים הדומים — זמינה רק לחנויות בתוכנית Shopify Plus. חנויות בתוכניות הרגילות של שופיפיי יכולות להשיג חלק מהפונקציונליות דרך Checkout Functions בלבד, שדורשות פיתוח ידני. לפני שמתכננים כל לוגיקה כזו בחנות ישראלית, יש לוודא שהתוכנית, הרשאות הצוות, והאפליקציה תומכות בתרחיש.