התאמות שיטות תשלום רצות על גבי Shopify Functions — קוד שמתבצע בתשתית של Shopify עצמה ולא בשרת חיצוני. כך אפשר לכתוב לוגיקה שבודקת פרטי הזמנה (סכום, כתובת, תגיות לקוח) ומחזירה הוראות: הסתר שיטה X, שנה את השם של שיטה Y, העבר שיטה Z לראש הרשימה. הכל קורה בזמן אמת בתוך הקופה, בלי ריצוי JavaScript בצד הלקוח.
בחנות ישראלית על Shopify Plus זהו הכלי המדויק להסתיר אפשרויות כמו "תשלום בשיקים" לסכומים קטנים, להציג תשלומים בתשלומים רק עבור מוצרים מסוימים, או לסדר ספקי סליקה מקומיים לפי עדיפות. אם התנאי נראה נכון אך השיטה לא מסתתרת — הצעד הראשון הוא לבדוק שה-Function אכן Active במנהל שופיפיי ושלא הגעתם למגבלת הפונקציות הפעילות לאותו סוג התאמה.