שופיפיי מציעה Payment providers רבים: Shopify Payments (פנימי, Stripe ברקע), PayPal, Amazon Pay, ספקים מקומיים (פאי, היפר, גרין-אינווייס בישראל). כל אחד עם עמלות שונות, זמני זיכוי, וכלים. סוחר יכול לעבוד עם 2-3 במקביל.

בחנות ישראלית, השוואת Payment providers חיונית: Shopify Payments (2.4-2.9% + 30¢), פאי (2-2.5%), היפר (2.3-2.8%). הקפדה לבדוק: זמן זיכוי, תמיכה בעברית, ואינטגרציה תקינה. ספק זול אבל לא יציב = הפסד גדול לטווח ארוך.