Payment scripts היו אחד משלושת סוגי הסקריפטים שאפשר היה ליצור ב-Script Editor — לצד Line item scripts ו-Shipping scripts. הם אפשרו לוגיקה כמו: הסתרת תשלום "שוטף+30" ממי שאינו לקוח B2B מאושר, שינוי שם שיטת תשלום להצגה בעברית, או חסימת תשלום במזומן עבור הזמנות מעל סכום מסוים. הסקריפטים רצו בצד השרת של Shopify ממש לפני הצגת מסך התשלום בקופה.
חשוב לדעת: Script Editor הוצא משימוש על ידי Shopify ב-2025 והוחלף ב-Shopify Functions — מנגנון מודרני יותר שרץ ב-WebAssembly ומחליף את Ruby. חנויות ישראליות שעדיין מסתמכות על Payment scripts חייבות להעביר את הלוגיקה ל-Payment customization Functions לפני שהמערכת הישנה נכבית לחלוטין, אחרת שיטות התשלום המותאמות יחזרו לברירת המחדל בלי אזהרה.