ב-Shopify POS, מסוף התשלום הוא חוליה בין אפליקציית הקופה (שרצה על iPad או iPhone) לבין הרשת הבנקאית. המסופים הנתמכים כיום — WisePad 3, Tap & Chip Reader וקורא ה-POS Go המשולב — מתחברים דרך Bluetooth או USB ומעבדים את העסקה ישירות דרך Shopify Payments. מסופים ישנים יותר כמו Chipper 2X BT הופסקו רשמית ואינם מקבלים עדכוני אבטחה.
בישראל Shopify Payments אינו זמין נכון לעכשיו, ולכן חנויות POS מקומיות נדרשות לעבוד עם ספק סליקה חיצוני — מה שאומר שהמסוף הפיזי לרוב אינו מסוף ה-Shopify הרשמי אלא מסוף של חברת הסליקה (כגון פאי, ישראכרט, או אמריקן אקספרס ישראל). במקרה כזה ההזמנה נרשמת ב-Shopify ידנית או דרך אינטגרציה, והתשלום מאושר במסוף הנפרד.