ב-Shopify POS כל עובד שמופעל על המכשיר חייב להחזיק בשתי הרשאות במקביל: גישה לאדמין (Admin access) וגישה לערוץ POS (Point of Sale access). ההפרדה הזו מכוונת — לא כל עובד חנות פיזית צריך לראות דוחות, לערוך מוצרים או לנהל הגדרות; הוא רק צריך להיות מסוגל לסרוק פריטים, לקבל תשלום, ולהחזיר עסקה. את ההרשאות מקצים מתוך Shopify Admin תחת הגדרות Staff.
בחנות ישראלית עם כמה עובדי מכירות כדאי ליצור פרופיל הרשאות מצומצם: Point of Sale access בלבד, ללא גישה לדוחות, ללא עריכת מחירים, וללא אפשרות להחיל הנחות ידניות מעל אחוז מסוים. כך מקטינים סיכון לטעות אנוש ושומרים על שלמות נתוני המכירות בין הערוץ הפיזי לחנות האונליין.