מבנה קובץ ה-CSV של Shopify קשיח: השורה הראשונה חייבת להיות כותרות עמודות בדיוק לפי שמות השדות הרשמיים (`Title`, `Body (HTML)`, `Vendor`, `Variant SKU`, `Variant Price` וכו׳). מוצר עם מספר וריאציות מייוצג בכמה שורות — השורה הראשונה מכילה את כל פרטי המוצר הכלליים, והשורות הבאות מכילות רק את שדות הוריאציה השונה. כל שורה ריקה בעמודות מסוימות לא תמחק את הנתון הקיים בחנות — היא תתעלם ממנו.
בחנות ישראלית שמייבאת מ-Excel כדאי לשים לב לשלוש מלכודות נפוצות: Excel ישראלי עשוי לייצא CSV עם פסיק-נקודה (`;`) במקום פסיק רגיל (`,`) בגלל הגדרות אזוריות, תאים עם מחירים עלולים לכלול סימן ₪ שיישבור את הייבוא, ועמודות עם תיאורי HTML ארוכים חייבות להיות מוקפות במרכאות כפולות כדי שהפסיקים בתוך ה-HTML לא יישברו את המבנה.