הבלבול הנפוץ ביותר בהקשר של מעבר ל-Shopify POS הוא בין שני מוצרים שונים של Intuit: QuickBooks Desktop POS (מערכת קופה שהופסקה) לבין QuickBooks accounting (תוכנת ראיית חשבון לניהול הכנסות, הוצאות, חשבוניות ומאזנים). כשסוחר עוזב את QuickBooks Desktop POS הוא עוזב את מערכת הקופה — לא בהכרח את תוכנת החשבונאות, שיכולה להמשיך לפעול במקביל ל-Shopify (שופיפיי) דרך חיבור API.
בחנויות ישראליות QuickBooks accounting פחות נפוץ מאשר בשוק האמריקאי — מקבילות מקומיות כמו פריוריטי, חשבשבת ו-Zoho Books מותאמות יותר לחשבוניות ישראליות, מע"מ ודיווח לרשות המיסים. עם זאת, חנויות עם פעילות בינלאומית לעיתים מנהלות ספרים ב-QuickBooks Online ומסנכרנות הזמנות מ-Shopify אוטומטית.